Dafür rächte sich der Würzburger Bischof, indem er die Mutter der beiden Thüngen, Namens Elsa, als eine Zauberin vor das geistliche Gericht in Würzburg zur Verantwortung laden ließ, und als sie nicht erschien, mit dem Banne, die Stadt Hammelburg aber, wohin sie aus Furcht vor ihm geflohen, mit dem Interdicte belegte. In Folge dessen vertrieben die Hammelburger Elsa von Thüngen aus ihren Mauern (1439).
Auch die Grafen Philipp von Rieneck, der ältere und jüngere, hatten 1441 eine Fehde mit Hammelburg, wahrscheinlich wegen der damaligen Pfandschaft der Stadt. (S. hierüber Verpfändungen und Saaleck.)
Im Jahre 1447 wird in einem Lehnbriefe, wonach die Burg Sodenberg sammt Zugehör dem Abte zu Fulda zu einem Ganerbschaftlichen Stamm-, Mann- und Aelterlehen in der Art überlassen wurde, daß der jedesmalige Geschlechtsälteste damait belehnt werden sollte, auch eine Badstube in Hammelburg erwähnt.
Geben Ende dieses Jahrhunderts veranlaßten wiederholte Eingriffe des Würzburger Bischofs Rudolf in die Gerichtsbarkeit zu Hammelburg ein Mandat Kaiser Maximilian I. vom 15. April 1495 gegen den Bischof, welches im am 18. April auf dem Schloß Marienberg durch den kaiserlich geschworenen Boten Peter Unger zugestellt wurde.
Aus dem Jahre 1504 berichtet die Chronik von Errichtung eines Weisthums, gibt aber leider den Inhalt nicht näher an20:
„Am 23. Sept 1504 Montag nach dem Feste Mathäus ist zu Kloster Thulba in der Probstei in der großen Unterstube, Würzburger Bisthum, über die Union Klosterthulba, Frankenbronn und Reid in 20 Artikeln ein Weisthum, Jura concernens, errichtet worden in Gegenwart Junghern Albrechts von Trubenbach, Marschalls des Fuldischen Abtes, Jungherrn Andres Voit von Rineck, genannt von Gemünden, Amtmann in Saaleck, Herrn Appels, Propstes und Kellners zu Thulba, Jungherrn Jörg von Cölnisch, Johann Hun Canonikers zu Rasdorf, dieser Zeit Pfarrherr in Thulba, Harting, Schultheißen zu Fulda, Heintz Contzmann genannt Helkatz Centgraf zu Hammelburg, Heinz Creß und Heinz mit dem Daumen, einspänniger Knechte, Priester und Lehrer, Männer und Würzburger Bisthums Gehöriger und vieler Umstehenden aus den gedachten drei Dörfern, hiezu gefordert und sonderlich gebeten. Errichtet von Valentin Christian, offenbarer Schreiber Mainzer Bishtums aus päpstlicher und kaiserlicher Gewalt.“
Im J. 1512 wurde eine fürstabliche Verordnung erlassen, daß in Hammelburg keine Leibeigenen als Bürger anfgenommen, und jene, welche frei sind sich aber leibeigen machen, in der Stadt nicht mehr geduldet werden sollen 21.
In den folgenden Jahren 1516 und 1517 diente Hammelburg dem hartbedrängten Fürstabte Hartmann II. von Kirchberg eine Zeit lang als Zufluchtsorte. Dieser Abt, vorher Coadjutor des Abtes Johann von Henneberg, regierte nicht zum Besten des Landes wie seine Vorgänger; er führte ein üppiges und verschwenderisches Leben, weßhalb die fuldaische Ritterschaft unwillig wurde und immer wieder den Fürsten anging, der Mäßigkeit und Enthaltsamkeit sich zu befleißen. Der Abt wies diese Ermahnungen mit Verachtung zurück und flüchtete sich, als die Ritterschaft zur Berathung weiterer Schritte sich in Fulda versammelte, mit den Schätzen, Kostbarkeiten und Urkunden nach Hammelburg,
Die Hammelburger standen fest zum Abte und ließen sich durch Vorstellungen der Ritterschaft nicht bewegen, dem Fürsten die Thore zu verschließen. Abt Hartmann schreibt darüber in einer Vorstellung an des Kaisers Majestät vom J 1517, worin er sich gegen das Benehmen von Dechant und Capitel beschwert und seine Regierung rechtfertigt, unter Anderm: „Als aber ich meinen Weg in eine meines Stiftes Städdte, im Lande zu Franken gelegen, Hammelburg genannt, die der Zeiten der vorangezeigten bösen Handlungen nicht anhängig gewesen ist, sondern sich meiner als ihres Herrn gehalten und genommen, haben meine Mönche, Ritterschaft und von den Städten Morgen in der Früh nach meinem Abreiten mein Schloß belagert, Büchsen und Geschoß davor gebracht, die Brücken, darüber ich aus meinem Schloß geritten, im Berwähnen, sich sollte noch in meinem Schlosse sein, abgehauen, in mein Schloß geschossen ec.“
So berichtet Brower und Schannat.
Etwas anders erzählt J. B. Heim die Veranlassung der Flucht des Fürstabtes nach Hammelburg22. In der Geschichte des Burggrafen von Kirchberg wird von ihm auch das Leben des diesem Geschlechte angehörenden fuldaischen Abtes Hartmann beschrieben und dabei eine wegen des Frauenklosters Allendorf, zwischen dem Herzoge von Sachsen und Hector von Merle, Böhm genannt, entstandene Fehde gemeldet. Es hatte nämlich der Abt von Fulda, welcher sich die geistliche und weltliche Hohheit über dieses Kloster beilegte, den Probst Johann Loher, weil er eine Separation bezweckte, a. 1512 entsetzt und einen neuen Probst, Frank Mörlein, Böhm genannt, vorordnet, worüber es Streitigkeiten mit dem sächsischen Landesfürsten setzte, in der Folge deren ein Bruder des neuen Propstes, Hector Mörlein, Böhm genannt, das Land des Churfürsten von Sachsen brandschatzte und plünderte. Hector Mörlein wurde darüber vom Kaiser in die Reichsacht und Aberacht erklärt.
„Dieses Mörlein suchte nun wider Sachsen Aufenthalt und Unterschleif bei seinen Freunden, der Ritterschaft und den Mönchen des Stiftes Fulda, welches, als es ihnen der Abt verbieten wollte, weil er dem Hause Sachsen wohl zugethan war, die beschwerliche Folge hatte, daß sie ihn dermaßen angefeindet, zugesetzt und verfolgt haben, damit er darüber aus Bach weichen und mit den bestgen Kleinodien nach Hammelburg sich salviren müssen.“
Der Abt berichtet diesen Vorfall an seinen Vetter, den Burggrafen Georg I. von Kirchberg, in einem Schreiben de dato Hammelburg Sonnabend nach Exaudi 1516 in Folgendem:
„„Ich hab meinen großen Unwillen bei meinen Mönchen und Ritterschaft damit erreget, daß ich nicht habe wollen zusehen und vergönnen, Hektor Böhmen wider die Fürsten zu Sachsen aufzuhalten und zu unterschleifen, darum auch ihnen, bevorab den Mönchen, hart und mit Ernst gedräuet und zugesprochen, darüber mir sie in dem Capitel mit Antwort begegnet, sie gedächten und wollten ihre Freunde um der Fürsten willen nicht verlassen, ich sollte ihnen auch deßwegen nicht wehren. Ueberdem habe sich meine Mönche, Kapitularherren und Ritterschaft diese böse Handlung an mir zu verüben sich vereinigtet.““
„Es klagte auch der Abt Hartmann sein widriges Geschick dem Churfürsten zu Mainz. Dieser schickte seine Räthe nach Aschaffenburg, wo wegen Hektors, daß er nicht weiter wider den Abt unternehmen durfte, ein Anstand gemacht wurde, der auch von beiden Theilen bewilligt und angenommen worden ist.
Als aber Abt Hartmann seinen Vetter, den Burggrafen Sigmund in seiner Angelegenheit und mit seinen Pferden nach Cöln schickte, paßte ihm Hector Böhm aufwarf ihn sammt seinen Knechten unerwartet und unverschuldet nieder, und brachte ihn in gefängliche Haft, worüber dann Abt Hartmann, am heftigsten bewegt, sich seines gefangenen Vetters möglichen Fleißes angenommen, zumal weil er in seinen Geschäften gereist und die abgenommenen Pferde dem Abte gewesen waren.
Er schrieb deshalb Freitag nach Barnabas von Hammelburg aus an den Graf Eberhard zu Königstein und Dietzen, auch andere des Erzbischofs zu Mainz Statthalter und Räthe, vermeldeten Hektor vorzubescheiden und ihn zu unterweisen, ob ihm solches über den vorangezeigten, gelobten und geschworenen Anstand gebühren, mit seinem Vetter also zu verfahren, in der Hoffnung, sie würden in der Sache ein Einsehen haben, zumal d es auf der Mainzischen Landstraße geschehen 23. “
Als im Jahre 1521 Abt Johann III. von Henneberg die Abtswürde angenommen hatte, waren es wieder die treuen Bürger von Hammelburg, welche ihn im darauffolgenden Jahre auf seinem Rachezuge gegen das Schloß Reußenberg begleiteten.
Am 7. März 1522 hatte nämlich Hans Jörg von Thüngen zu Büchold mit einigen Spießgesellen den Propst vom Johannisberge bei Fulda, Melchior Kuchenmeister, als er von Holzkirchen zurückkehrte, ermordet. Die fränkische Rotte, welche diese Gräuelthat verübt hatte, zog sich in das Schloß Reußenberg zurück, und sollte hier vom fuldaischen Abte, welcher über die an seinem Propste begangene Schandthat auf das Heftigste erzürnt war, aufgehoben werden. Dachant Philipp Schenk kam mit seinen Leuten nach H., im schloßen sich die Hammelburger an, und am Sonntage Remiiscere wurde der Reußenberg genommen, geplündert und der Hof vor dem Schlosse abgebrannt. Das Haupt der Verschwörung entging nur durch Vermittlung des Markgrafen Casimir von Braunschweig der gerechten Rache des Abtes; drei der Mörder wurden gerichtet.
Wohl in Folge dieser treuen Anhänglichkeit und Beihilfe gelobt Abt Johann in einer Urkunde vom J. 1522 der Stadt und den Bürgern zu Hammelburg, sie bei ihren Freiheiten und Herkommen zu belassen und zu handhaben. Aber bald darauf vergaßen die Hammelburger ihre Unterthanenpflicht, indem sie sich im Bauernkriege den mordbrennerischen Scharen Thomas Münzers als die ersten im Stifte anschloßen und mit dem rebellischen Haufen gegen Fulda anstürmten. Alles wurde ausgeplündert, Jeder, der nicht Antheil nahm, niedergestoßen, und blutroth färbte sich der Horizont von den hochauflodernden Flammen brennender Burgen und Klöster24 .