Am 7. Januar 777 schenkte Karl der Große sein Königsgut, das zu Hamalumburcc an der Saale im Saalegau lag, dem noch jungen Kloster in Fulda. Die Äbte, Fürstäbte und später der Fürstbischof waren länger als 1000 Jahre die weltlichen Herrscher unserer Stadt.

Im Sommer 1796 kamen die ersten Vorboten eines Machtwechsels nach Hammelburg. Französische Soldaten, die die österreichische Armee geschlagen hatten, waren immer wieder in unserem Ort und quartierten sich teilweise hier auch ein. Im Herbst des Jahres kam es dabei auch zu schauerlichen Bluttaten, Plündereien und Brandschatzungen. Die nachrückenden Österreicher konnten die Franzosen aber wieder zurückdrängen.
Im Jahre 1800 kamen wieder fremde Soldaten in unsere Stadt. Zurückflutende Österreicher und nachdrängende Franzosen drangsalierten die Bevölkerung gar arg. Dies ging so weiter bis zur entscheidenden Schlacht bei Leipzig im Oktober 1813.

1802 – 1816
Durch die Verschiebung der französischen Ostgrenze hatten deutsche Territorialherren Gebietsverluste erlitten. Als Entschädigung wurden ihnen im Reichsdeputationshauptschluss vom 25. Februar 1803 die kirchlichen Reichsstände (die geistlichen Fürstentümer) [Säkularisation] und die meisten Reichsstädte zugeschlagen. Die fuldischen Besitzungen gingen im Fürstentum Nassau-Oranien-Fulda auf und Wilhelm von Oranien, der bereits ab Oktober 1802 in Fulda regierte, wurde auch weltlicher Herrscher von Hammelburg.

Bei der Schlacht bei Jena am 15. Oktober 1806 unterlag Wilhelm Friedrich von Nassau-Oranien-Fulda dem Franzosen Napoléon Bonaparte. Napoleon unterstellte dieses Gebiet einer seiner „reservierten Provinzen“ und sein Marschall Mortier nahm das Fürstentum am 28. Oktober 1806 förmlich in Besitz. Hammelburg war französisch.

4 Jahre lang waren wir zwar französisches Besatzungsgebiet, doch es galt noch das fuldische Recht. Die Bürgermeister in den Städten gingen weiter ihrem Dienst nach, ebenso die Amtsleute. Das Land jedoch wurde ausgepresst. Hohe Summen an Kriegssteuern, große Mengen an Fourage und Lebensmitteln mussten jährlich für die Rheinarmee gezahlt und geliefert werden. Hinzu kamen zahlreiche Einquartierungen, besonders im Jahre 1809, als es zum Krieg gegen Österreich kam. Massive Holzeinschläge kamen in den Gemeinden Neuwirtshaus und Untererthal dazu.

1810 errichtete Napoleon das Großherzogtum Frankfurt. Diesem wurde am 19. Mai 1810 auch die Provinz Fulda einverleibt. Im Département Fulda stand ein „Präfekt“ an der Spitze. Das Amt Hammelburg hieß jetzt „Arrondissement“ und unsere Stadt, eine „Municipalität“, wurde von einem „Maire“ verwaltet, dem ein „Adjunkt“ zur Seite stand.
Am 1.1.1811 wurde der „Code Napoléon“ erlassen, wodurch z. B. die Zivilehe eingeführt wurde, welche der „Maire“ vollzog (vorausgesetzt, man hatte zuvor kirchlich geheiratet).

Im Laufe des Jahres 1813 schwand langsam die Macht Napoleons, und Bayern sagte sich mit dem Austritt aus dem Rheinbund offiziell von Frankreich los. Diesen Seitenwechsel ließ sich Bayern teuer bezahlen: Im Vertrag von Ried vom 8. Oktober 1813 sollte das Großherzogtum Frankfurt zunächst von Bayern verwaltet werden. Es wurde jedoch von der alliierten Zentralverwaltung dem neuen österreichischen Generalgouverneur Prinz Philipp von Hessen-Homburg übertragen. Die territoriale Auflösung des Großherzogtums setzte ein.
Durch Artikel 40 der Wiener Kongressakte vom 9. Juni 1815 kam der nördliche Teil des Départements Fulda an Preußen, der südliche, zu dem u. a. die ehemals fuldischen Ämter Brückenau mit Motten, Hammelburg mit Thulba und Saaleck gehörten, wurde unter österreichische Verwaltung gestellt.

Wir kommen zu Bayern
Bereits ein knappes Jahr später kam es zum Staatsvertrag zwischen Österreich und Bayern. In dem „Münchener Vertrag vom 14. April 1816“ heißt es:

.... Entschädigung Bayerns:

„Art. 2. Gegen diese Abtretungen treten Seine Majestät der Kaiser von Oesterreich für Sich, Ihre Erben undNachfolger an des Königs von Bayern Majestät, an Dessen Erben und Nachfolger, zu vollem Eigenthume und voller Souveränetät, ab:

… B. Auf dem rechten Rheinufer.
1) die vormaligen Fuldischen Aemter Hammelburg, mit Thulba und Salek, Brückenau mit Motten … alle benannten Distrikte, wie solche von Seiten kais. Königl. apostolischer Majestät besessen worden…“

Bayern erhielt u. a. mit diesem Staatsvertrag auf dem „linken Rheinufer“ die linksrheinischen pfälzischen Gebiete (Rheinkreis, später auch Pfalz oder Rheinpfalz genannt).
Abgegeben an Österreich hat es mit diesem Vertrag u.a. Teile des Hausruckviertels, das Innviertel und das Herzogtum Salzburg.

Hammelburg gehörte für kurze Zeit zum „Mainkreis“ mit der Hauptstadt in Bamberg und dann, nach der Neueinteilung Bayerns in Kreise, ab dem 20. Februar 1817 zum „Untermainkreis“ (später Kreis Unterfranken und Aschaffenburg, jetzt Regierungsbezirk Unterfranken).

Am 21. Mai 1866 (Pfingstmontag) feierte Hammelburg die fünzigjährige Zugehörigkeit "zur Krone Bayern". In der Kirche hielt der damalige Pfarrer G. M. Rappert eine Rede, aus der folgende Auszüge stammen:

"... Was Wunder! bis Hammelburg endlich nach göttlicher Fügung der Krone „Bayern“ einverleibt wurde, wechselte es die Regierung fast so oft, wie man ein Kleid wechselt. Verhängnißvoll waren diese Zustände. Man konnte sie im Grunde nur als Nachzuckungen der großen französischen Revolution betrachten...
... in Folge der Schlacht Napoleons bei Hanau am 30. Oktober 1813, der letzten Schlacht und Niederlage Napoleons auf deutschem Boden, änderte sich abermals das tragische Geschick Hammelburgs, es kam unter die Oberhoheit Oesterreichs, des Mitsiegers bei Leipzig. Wie oft mögen die Bewohner Hammelburg bei so harten Drangsalen des Krieges und der Umwälzungen, zu welchen sich auch herrschende Krankheiten gesellten, wie oft mögen die in Gott ruhenden Voreltern ausgerufen haben: O wie glücklich waren wir einst, wie unglücklich sind wir jetzt, was wird noch aus uns werden! Doch, wo die Noth am größten,  ist die Hilfe Gottes am nächsten! Heute singen wir: Te Deum laudamus, Großer Gott wir loben Dich!"